Google Maps APIで日本付近も世界測地系へ移行して測地系の問題は解決かと思いきや、ちょっと問題が発生しているようです。
問題というのは、日本測地系から世界測地系へ移行する際、間違った処理をしてしまったため、一部（特に離島部）で地図にずれが発生しているようです。
ゼンリンの地図は、ＧＰＳで使われている簡易な日本測地系（世界測地系から楕円体の変換で計算したもの）のようで、世界測地系に変換するには、測地系パラメタを使い、一度、三次元直交座標を経由して変換する方法をすべきでした。しかし、測量に基づく本当の日本測地系を世界測地系に変換する変換方法（TKY2JGD）を用いたと思われるため、測量による誤差の大きい離島部（石垣島など）で数百ｍとかのずれが発生しているらしいです。(ずれは確認していますが仮説の検証はできていません)
早く正しい世界測地系にして欲しいと思います。（あと与那国島等の地図もぜひ用意して欲しいです）
（全国ロケ地ガイドのjoe様より情報を頂きました）
ところで、このような問題は関東ではほとんど発生しないため、東京アートイベント地図の方は、世界測地系に対応させました。同時に少し内部処理を変更（キャッシュ機構等）しているため、不具合等発生した場合はお知らせ頂けると助かります。
(全国ロケ地図は上記問題のため対応を保留しています。)
関係ないですが、関連サイトの管理人が１０年前の知人であったことがmixiで判明しました。びっくりです。