Google Mapsを使うまで全然知らなかったのですが、経度緯度といっても測地系によりかなり違いがあります。
GISとかやっている人には常識かも知れないのですが、備忘録として書いておきます。
色々教えて頂いた全国ロケ地ガイドのjoeさんや各サイトに感謝いたします。
2002年4月より改正測量法が施行され、日本で広く使われてきた「日本測地系」（Tokyo）にかわり、世界測地系（ITRF94座標系、JGD2000、WGS84）が公共測量に使用されることになりました。
日本国内でしか通用しないという問題と、基準点からの三角測量からGPS測量に変わってきたという背景があるようです。
その変換に標準として用いられているのが、国土地理院の変換パラメータによる変換で、ここでWebでの変換サービスやWindowsのプログラムが提供されています。
こちらの解説より、基本部分をperlのプログラム（１）で書いてみました。
精度の問題やパラメータがない部分は考慮していません。
その他の方法としては、こちらのページがまとまっています。
http://homepage3.nifty.com/Nowral/02_DATUM/02_DATUM.html
下から２番目の測地系パラメタによる方法（２）というのが、ＧＰＳ等で測地系変換に使われている方法らしいです。
ここで、変換方法が２つあるように、日本測地系と言っても国土地理院のいう日本測地系とＧＰＳのいう日本測地系は違うみたいです。
Ｇｏｏｇｌｅマップで使われているゼンリンの地図（マップ）は、サテライトのような単純な並行移動じゃない日本測地系ということで前者だと思っていたのですが、後者にマッチするようです。
マップで石垣島あたりの位置情報（日本測地系）がずれる現象があったのですが、位置情報（日本測地系）を１で変換して世界測地系にし、２で逆変換すればほぼ一致させることができました。
したがって、Google Maps APIで、
_SATELLITE_TYPE.japanDatumHack = false;
にして、サテライトの場合の測地系を世界測地系にし、マップの時は2の逆変換を行えば、ずれなく位置情報を表示できているようです。
ただし、そもそもマップで与那国島は地図がないですね。。
上記は本当か分からないので、勘違いしていましたらコメント頂けるとありがたいです。